Trois hypothèses  

Première hypothèse, les capacités de détection de ces nouveaux variants ont grandement augmenté durant les derniers mois, rendant ainsi leur identification plus facile. Le premier variant identifié l'a été en Grande-Bretagne, où les capacités de séquençage  des virus sont sans commune mesure avec le reste du monde.

Deuxième hypothèse, l'augmentation des pressions de sélection sur le virus. Le variant brésilien est apparu dans la ville de Manaus, où une étude a suggéré que l'immunité de masse aurait pu avoir été atteinte, ce qui implique que plus de 66 % de la population auraient été infectés. Or les mutations spontanées deviennent bénéfiques dans un environnement particulier.

Autrement dit, si certaines mutations changent suffisamment le phénotype du virus qui les portent (c'est-à-dire ses caractéristiques « observables » : son apparence ou ses capacités) pour qu'il ne soit pas reconnu par les anticorps produits lors de la première vague épidémique, ledit virus se transmettra beaucoup plus efficacement que le variant historique, et deviendra ainsi dominant.

Troisième hypothèse, celle de l'implication de ce que l'on appelle des « CoVID-longs ». Certains patients infectés par la Covid-19, notamment ceux dont le système immunitaire est déficient, développent des formes relativement longues de la maladie. Cela signifie qu'ils gardent le virus pendant plusieurs semaines, voire plusieurs mois dans leur organisme.

Or si le virus évolue quand il se transmet, il évolue aussi au sein des organismes qu'il infecte. Étant donné que les CoVID-longs ont pu faire leur apparition à peu près en même temps un peu partout dans le monde, cette évolution intra-individus pourrait expliquer l'émergence apparemment simultanée des différents variants.

Il est important de noter que les trois hypothèses ne sont pas forcément indépendantes, chacun des mécanismes ayant pu contribuer de façon plus ou moins importante à l'émergence de chacun des variants.