Contrairement au yaourt, qui repose sur deux espèces de bactéries spécifiques, le kéfir associe plusieurs bactéries lactiques et des levures. Celles-ci transforment les sucres du lait et produisent notamment de l’acide lactique.

La fermentation intervient aussi dans la fabrication de la choucroute et du pain au levain. Mais un aliment fermenté ne contient pas nécessairement des micro-organismes vivants au moment de sa consommation : la cuisson du pain, par exemple, détruit les bactéries et les levures.

Le terme « probiotique » désigne uniquement des micro-organismes vivants dont les bénéfices ont été démontrés à une dose précise.